Se podrÃa decir que la historia de Shoto-Kan tiene comienzo cuando el maestro Gichin Funakoshi imparte su primera clase en la La Escuela Normal Superior para Hombres ubicada en Tokio en el año 1922.
A fines de 1924 le fue solicitado al maestro que impartiera clases a un grupo reducido de estudiantes de Keio, Funakoshi aceptó y este fue el primer club universitario de Karate en Tokio que aún hoy existe. Gracias a esta iniciativa se desarrollaron los clubes universitarios de Karate y hoy existen en Japón más de trescientos.
Estos clubes fueron los generadores de las bases del karate japonés teniendo además gran importancia en la expansión de este arte marcial.
Funakoshi formó asà un grupo selecto de alumnos donde se destacaban nombres como Obata, Mykami, Matsumoto y Ohtsuka, pero unos años después en 1927 hubo discrepancias respecto del sistema de enseñanza y en particular con el ju-kumite (combate libre) por lo cual debieron hacerse algunos cambios que pudieran asegurar una rápida difusión del karate para que éste tuviese éxito.
Fue asà que el hijo de Funakoshi, llamado Yoshitaka Funakoshi formó un grupo con estudiantes para entrenar con ellos, dedicándose a  pleno al desarrollo del Karate.
Bajo la dirección de Yoshitaka se realizaron cambios importante entre los años 1930 y 1935, principalmente en kumite. De esta forma, en primer lugar desarrolló gohon kumite (el combate a cinco pasos) donde el atacante hace cinco ataques seguidos avanzando y el oponente los bloquea retrocediendo haciendo un contraataque en la última defensa.
Para 1933 le brinda estructura al Ju kumite, el cual es establecido unos años después en 1935. Fue en ese momento que se decide establecer un Hombu Dojo ( Dojo Central) y para construirlo se forma un comité que establece el fondo que serÃa necesario.
En enero de 1936 Gichin Funakoshi inaugura el Dojo en Tokio llamándolo  Shoto-kan, seudónimo que Funakoshi utilizaba para firmar sus poemas (ondulación de los pinos bajo el viento).
También en ese año publica un nuevo libro «Karate-do Kyohan» donde incluye el desarrollo detallado que Yoshitaka habÃa aportado y deja claro que era un sistema de karate japonés totalmente nuevo. Utilizó entonces un nuevo ideograma para escribir «kara», el antiguo podÃa leerse como «Tang», haciendo referencia a la dinastÃa china. Desde el dÃa de la publicación, la antigua denominación: «Técnica de manos China», se cambió a: «La vÃa de las manos vacÃas», como es conocida hoy.
En 1941 Japón entra a la Guerra y durante un bombardeo a Tokio fue destruido el Dojo Shoto-kan, en 1945 finaliza la guerra y Yoshitaka muere de tuberculosis. El general McArthur, de las Fuerzas Armadas Norteamericanas, prohibió que se entrenara karate-do, además de otras artes marciales japonesas, y aunque algún entrenamiento se realizó a escondidas, el desarrollo del karate-do dejó entonces de practicarse y los alumnos de Funakoshi volvieron a Tokio y  comenzaron a ver la manera de liberar el karate-do de la prohibición, además de idear la forma para la reconstrucción del Dojo.
Fue asà que Masatoshi Nakayama consigue realizar que el karate sea nuevamente permitido siendo el único arte marcial que podÃa practicarse después de la guerra. Isao Obata hizo una unificación de los clubes universitarios antiguos y los dojos privados en una sola organización, dándole el nombre de Japan Karate Association (JKA), en 1949.
En 1951 la Fuerza Aérea Norteamericana instituyó un programa de entrenamiento de artes marciales y sus instructores fueron enviados al Kodokan en Tokio, para instruirse en judo, karate, aikido y otras artes marciales, siendo que el Karate se enseñó bajo el liderazgo de la JKA, pero surgió el problema que las personas que tenÃan algún entrenamiento aunque limitado en karate-do, regresaron a los Estados Unidos y comenzaron a enseñar un estilo propio.
De esta forma a mediado de los años 50 existÃan más de 200 versiones que se hacÃan llamar estilos de karate y lo pero que muchas de ellas eran conducidas por personas con poco entrenamiento. Por ello Masatoshi Nakayama, bajo la dirección de Funakoshi, diseño el Programa de Entrenamiento de Instructores para asegurar una instrucción de calidad y del verdadero karate-do.
Se enviaron instructores a todos los lugares del mundo para extender el karate-do de la JKA, conocido como «Shotokan», que tiene como principales caracterÃsticas:
- Primera escuela de Karate totalmente japonesa.
- El Shotokan es totalmente diferente de los 2 predecesores de Okinawa.
- Tiene posturas más largas y bajas.
- Mayor énfasis para generar potencia usando el espasmo muscular.
- La mayorÃa de los movimientos son ejecutados en lÃneas directas con movimientos que van hace delante o hacia atrás.
- En competencia los karatekas tienen permitido moverse de forma ligera con un centro de gravedad relativamente elevado. Sin embargo en el momento de golpear adoptan una postura baja bastante fuerte.
En definitiva , el estilo Shotokan tiene como caracterÃstica principal lo sólido de sus posiciones (posiciones bajas), potencia, y trabajo de cadera.